1957 год, разгар Холодной войны. После событий первого фильма проходит 21 год. Группа советских военных, возглавляемая учёной-фанатичкой Ириной Спалько, направляются на секретную базу-хранилище, расположенную в пустыне штата Невада, в «Зоне 51», недалеко от которой прогуливался и собирал грибы главный герой Индиана Джонс (Генри Джонс-младший). В качестве пленников отряд Спалько везёт с собой захваченного Джонса и его друга Мака. Ворвавшись на базу, Ирина заставляет Джонса найти там некие мумифицированные останки, ведь он когда-то входил в группу учёных, занимавшихся изучением катастрофы необычного летательного аппарата, произошедшей за 10 лет до описываемых событий в Розуэлле, Нью Мексико. Сам Джонс, правда, не совсем понимает природу виденного им однажды артефакта и его значимость, однако под дулом дюжины автоматов, используя магнитные свойства дроби, извлечённой из патронов (артефакт обладает сильнейшим магнетизмом), он находит искомый ящик.