Действие фильма происходит в США в двух временных линиях: в 2012 году и в 1969 году. В события вовлечено агентство «Люди в чёрном», секретная организация, ведающая делами пришельцев на Земле. Межгалактический уголовник Борис Животное, представитель вымершей расы боглодитов, инопланетных захватчиков, уничтожавших целые миры, с помощью своей сообщницы Лилли сбегает из Лунной тюрьмы «Луномакс» и намерен вернуться в прошлое, чтобы убить агента Кея . Более, чем сорок лет назад, 16 июля 1969 года молодой агент Кей лишил Бориса руки и арестовал его. После преследования и перестрелки с агентами Борису удаётся бежать, и Кей сожалеет, что в прошлом не убил его.